职能制的优点是：将企业管理工作按职能分工，适应了现代企业生产技术比较复杂、管理工作分工较细的特点，同时，提高了管理的专业化程度，减轻了各级领导者的工作负担。
其缺点是：容易形成多头领导，有可能妨碍企业的统一指挥，不利于建立健全责任制，影响整体工作效率的提高。
(三)直线职能制
直线职能制又叫生产区域管理制，它的特点是以直线制为基础，在各级行政领导者之下设置相应的职能部门，分别从事专业管理，作为该级领导人的参谋部门，是企业管理机构的基本组织形式。职能部门拟订的计划、方案，以及有关命令，由企业行政领导者批准下达，职能部门不进行直接指挥，只起业务指导作用。直线职能制的组织结构形式如图2-7所示。
直线职能制的优点是：它吸收了直线制和职能制组织结构的长处，既保证了直线制的统一效果，又发挥了各职能部门和人员的专家作用，因而能够更好地发挥组织结构的效能。同时。由于职能部门和人员分担了大部分专业职能方面的工作，直线指挥人员就可以集中精力从事生产经营的组织指挥，搞好经营决策。这种组织结构便于严格遵守各自的职责，比较适应现代企业管理的要求，因此，它是当前企业较多采用的组织形式。
其缺点是：各专业分工的职能部门之间横向联系较差，容易产生工作脱节和矛盾，影响企业整体的管理效率。这种组织形式一般适用于企业规模不大，产品品种不太复杂，工艺稳定，市场情况比较容易掌握的企业。